Die Maine Coon wird im Allgemeinen als „Naturbursche“ bezeichnet, was Kraft und Gesundheit implizieren soll. Jedoch hat die Maine Coon – wie jedes andere Säugetier auch – im Laufe ihrer Evolution diverse erblich bedingte Krankheiten erworben.
Die inzwischen bekannteste davon ist die hypertrophe Kardiomyopathie (HCM), eine Herzmuskelerkrankung, die per Farbdoppler-Ultraschall nachgewiesen werden kann. Eine vermutete ererbte Variante der Erkrankung ist mittlerweile mittels DNA-Analyse nachweisbar. Hierbei wird eine durch Mutation im MYBPC3-Gen (cardiac myosin binding protein) hervorgerufene Veränderung des Erbgutes festgestellt. Da mittels des Gentests jedoch keine der weiteren HCM verursachenden Mutationen festgestellt und keine sekundären Kardiomyopathien ausgeschlossen werden können, ist ein Herzuntersuchung per Ultraschall zur sicheren Abklärung nach wie vor nötig. Getestet werden per Ultraschall kann ab dem ersten Lebensjahr, jedoch sollte, da eine Ultraschalluntersuchung immer nur eine Momentaufnahme ist, in regelmäßigen Abständen nachgeschallt werden. Zum jetzigen Wissenstand (April 2006) ist noch nicht klar, wie im Gesamtbild HCM die MYBPC3-Mutation zu bewerten ist, bei Menschen ist die auf diesem Gen sitzende HCM-Variante die mit der günstigsten Prognose. Weitere Entwicklungen sind also abzuwarten.
Ein Tier mit HCM erscheint nach außen kerngesund. Es wird jedoch zu einem nicht vorhersehbaren Zeitpunkt einfach den plötzlichen Herztod sterben, Vorsymptome kann es aber geben, z.B. Hecheln durch den offenen Mund beim Spielen, Appetitlosigkeit, Husten, schnelles Ermüden, in diesem Fall sollten die Ursachen dafür gleich mit dem Tierarzt abgeklärt werden. Oft fallen die Tiere aber tatsächlich innerhalb eines Augenblickes tot um! Eine HCM kann mit gutem Erfolg medikamentös eingestellt, jedoch i. d. R. nicht geheilt werden.
Eine zweite bekannte Erbkrankheit ist die Hüftgelenksdysplasie. Diese wird durch genetische und ernährungsbedingte Faktoren begünstigt. Sie kommt bei der Katze, wie beim Hund, hauptsächlich in großen, schweren Rassen vor – eben auch bei der Maine Coon. Diagnostiziert wird sie mittels Röntgenuntersuchung der Hüften. Das Vorkommen von HD scheint bei der Maine Coon aber nicht sehr häufig zu sein, es wird nur oft darüber geredet. Es ist allerdings auch schwierig, eine HD bei Katzen ohne Röntgenuntersuchung festzustellen, da diese, im Gegensatz zum Hund, anscheinend kaum Schmerzen und Beeinträchtigungen dadurch haben.
Die dritte bekannte Erbkrankheit ist die polyzystische Nierenerkrankung (Polycystic Kidney Disease, PKD), die hauptsächlich bei den Persern bekannt ist. Es entstehen Zysten in den inneren Organen, vorzugsweise in den Nieren, die die Funktion dieser Organe mit ihrem Wachstum mehr und mehr einschränken. Hier wird die Diagnose derzeit noch mittels hochauflösendem Ultraschall gestellt. Ein Gentest für die Perser ist vorhanden. Es ist aber umstritten, ob dieser Test auch für andere Rassen tauglich ist, da es eventuell unterschiedliche PKD-Gene geben könnte. Ein Tier mit PKD kann ziemlich alt werden, aber auch in jungen Jahren schon an Nierenversagen elendiglich zugrunde gehen. Anzeichen für PKD sind z.B. Gewichtsabnahme und verstärkter Durst. Aber auch Beeinträchtigung der Motorik (Hängenlassen des Kopfes oder Humpeln auf den Hinterbeinen).
Ein weiteres weit verbreitetes Problem der Maine Coon sind Entzündungen des Zahnfleisches, bis hin zum kompletten Ausfall der Schneidezähne. Die Gründe dafür sind noch nicht bekannt. Es werden sowohl genetische Probleme als auch Viren dafür genannt.